Les réactions au rapport d'Amnesty International ne se sont pas fait attendre. Les accusations sont rejetées en bloc par le ministère irakien de la Justice. Mais aucune référence aux prisons gérées par les ministères de la Défense et de l'Intérieur.
En revanche Said Boumedouha, un des enquêteurs d'Amnesty international, met en cause les lieux secrets de détention de ces deux ministères. « Il y a un certain nombre de lieux secrets de détention gerés par les ministères de l’Intérieur et de la Défense. Ce n’est pas la première fois. En 2005, les forces américaines ont trouvé un lieu de détention secret géré par le ministère de l’Intérieur et ils y ont trouvé plus de 100 détenus en très mauvaises santé. La majorité avaient été torturés et ils étaient prisonniers depuis des mois et personne ne le savait ».
Si les Etats-Unis étaient au courant des mauvais traitements avant de remettre les prisons aux autorités irakiennes, l'enquêteur d'Amnesty le dit, ils seraient dans l'illégalité. « Selon les lois internationales, on n’est pas sensés remettre des prisonniers ou détenus à un pays ou une autorité si l’on sait qu’ils vont être torturés. Tout ce que nous disons, c’est qu’il y avait déjà eu des milliers de gens détenus par les autorités irakiennes et qui ont été torturés. »
Selon Amnesty international, les Américains savaient donc à quoi ils exposaient les détenus irakiens.