La procédure est loin d'être courante : une assignation en justice contre l'Etat pour « faute lourde » et « déni de justice ». Les termes sont forts et ils visent directement l'instruction du juge Bruguière. En charge du dossier jusqu'en 2006, il a concentré l'essentiel de son enquête sur la piste de l'attentat terroriste. Quitte, apparemment, à prendre quelques libertés avec les éléments contredisant cette thèse. C'est du moins ce qui lui est reproché par cette plainte.
Au cœur de ce nouveau dossier, un rapport d'autopsie, réalisé en 2002, et censé être celui du corps du kamikaze. Mais voilà, dans les faits, il n'en est rien. Ce rapport précise noir sur blanc que la personne autopsiée ne pouvait pas être celle qui a déclenché l'explosion. Or, il se trouve que ce document, allant à l'encontre de la thèse suivie par le juge Bruguière, ne sera jamais versé au dossier.
C'est en 2011 que le juge Trévidic, qui a pris la suite de Jean-Louis Bruguière, se rendra compte de cette absence. Il demande alors à son prédécesseur de s'expliquer, on lui répond que ce rapport n'a jamais été remis. Mais cette explication est fausse, des preuves le démontrent et la défense de Jean-Louis Bruguière s'effondre. Pour les avocats à l'origine de cette nouvelle plainte, « les errements du juge Bruguière ont compromis la manifestation de la vérité » et la responsabilité de l'Etat doit donc être engagée.
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