Philippe Courroye avait prévenu: il n'est pas disposé à rendre les armes facilement et se dit prêt à exercer tous les recours pour faire annuler cette mutation, résultat d'une «chasse aux sorcières» selon les mots de son avocat. Il lui faudra donc aller plus loin après la décision du conseil de la magistrature qui évoque dans son communiqué «l'intérêt du service.»
Philippe Courroye se savait bien évidemment critiqué, notamment pour sa gestion de l'affaire Bettencourt. Outre les tensions générées dans le traitement de l'affaire avec la magistrate Isabelle Prévost-Desprez, il avait été mis en cause dans le scandale des fadettes, accusé d'avoir enquêté pour découvrir les sources des journalistes qui travaillaient sur cette affaire.
Le procureur qui a dit par le passé «ne pas avoir à se justifier ni à se défendre» a dû donc le faire sans succès devant le Conseil supérieur de la magistrature. La décision n'est pas contraignante mais Christiane Taubira, ministre de la Justice, a déjà annoncé qu'elle respectera l’avis des magistrats. Philippe Courroye change donc d'affectation mais il garde tout de même son grade. Sa nomination ne serait effective qu'en 2014, le temps d'ici là de faire appel au Conseil d'Etat s'il le souhaite.