Les avocats d'Yvan Colonna ont d'abord demandé que soit retiré des débats le procès-verbal du procès en appel annulé par la Cour de cassation. Puis, ils ont invité la cour d'assises spéciale, composée uniquement de magistrats professionnels, à se prononcer à une majorité qualifiée sur la culpabilité éventuelle du prévenu. Selon eux, une majorité simple ne serait pas de nature à protéger véritablement les droits de leur client.
Toujours dans le même esprit, pour que soit rendue une décision équitable et compréhensible par tous, les défenseurs d'Yvan Colonna ont insisté pour que la cour motive ses choix, ce qui n'est pas prévu a priori en pareil cas.
Enfin, dernier point mais sans doute le plus important, la défense s'est appuyée sur la récente réforme de la garde à vue pour demander à la cour d'assises spéciale de Paris de ne pas tenir compte des déclarations prononcées en 1999, et donc sans l'assistance d'un avocat, par les autres protagonistes du dossier. A savoir, les coaccusés d'Yvan Colonna et leurs conjointes.
Tout d'abord désarçonnées, les parties civiles se sont vite reprises : elles ont répondu d'une seule voix qu'il fallait rejeter en bloc toutes ces demandes. Tout en laissant ouverte la question de la motivation des délibérés, qui doit être tranchée en mai prochain par la cour de Cassation dans une autre affaire de terrorisme.