On est désormais bien loin de la piste al-Qaïda évoquée au tout début de l'enquête. Les juges anti-terroristes orientent désormais leurs recherches vers l'hypothèse de représailles pakistanaises, suite à l'arrêt des versements de commissions sur le contrat.
C'est la raison pour laquelle ils ont demandé l'accès aux pièces les plus sensibles du dossier, et seraient en passe de l'obtenir. Avant même la publication de l'avis de la commission, le ministère de la Défense a affirmé que -conformément à une pratique constante-, le ministre Morin suivrait cet avis. Si tel est bien le cas, cela pourrait ouvrir considérablement le champ de l'investigation et permettre éventuellement d'établir un lien entre l'affaire des rétro-commissions supposées avoir aidé au financement de la campagne d'Edouard Balladur en 1995 et l'assassinat en 2002 à Karachi des ingénieurs français de la DCN, lorsque les commissions promises ont cessé d'être versées aux Pakistanais.
L'attaque suicide avait fait alors 14 morts dont 11 salariés de la Direction des constructions navales en charge de la construction de sous-marins destinés au Pakistan. C'était après la victoire électorale de Jacques Chirac et l'élimination du candidat Balladur au premier tour. Or à l'époque, Nicolas Sarkozy, ministre du Budget et proche d'Edouard Balladur, aurait donné son aval à la création de la société off-shore par laquelle ont transité les commissions. Des informations contenues dans un rapport de la police luxembourgeoise. La déclassification de nouveaux documents devrait permettre aux enquêteurs de faire la lumière sur le contentieux franco-pakistanais.