Une partie des commissions, soit environ 6,25% du montant contrat, était destinée à des personnalités politiques pakistanaises. D’autres commissions, représentant environ 4% de la transaction ont été concédées à la demande du cabinet du ministre de la Défense de l'époque, François Léotard, dans des conditions troublantes, selon la commission parlementaire française.
Sur demande expresse du président Jacques Chirac, le versement des 4% a été annulé vers la fin de 1995 ou au début de 1996. Jacques Chirac soupçonnait que les commissions aient donné lieu à des rétro-commissions, c’est-à-dire de l’argent qui revient en France. Une partie de ces rétro-commissions aurait été utilisée par l’ancien Premier ministre Edouard Balladur, rival de Chirac à l’élection présidentielle, pour financer sa campagne électorale.
Un sanglant attentat anti-français à Karachi
Le 8 mai 2002, un attentat anti-français secouait la ville de Karachi, capitale économique du Pakistan. A 8 heures du matin, un kamikaze au volant d’un faux taxi bourré d’explosifs percute un bus de la marine pakistanaise. A son bord se trouvent des techniciens français qui travaillent sur le chantier des sous-marins Agosta, vendus par la France. Le bilan est de 14 morts, dont 11 employés français de la DCNS (Direction des constructions navales). Très vite, les soupçons se portent sur le réseau terroriste al-Qaïda. La justice pakistanaise condamne à mort deux islamistes, le 30 juin 2003. Mais le 5 mai 2009 les deux hommes sont acquittés et remis en liberté. La piste islamiste paraît alors s’effondrer.
Enquêtes parallèles, zones d’ombre et démentis
Un ancien de la DST (Direction de la surveillance du territoire) enquête dès 2002 pour le compte de la DCNS. Il conclut que l’attentat de Karachi est lié à l’arrêt du versement des commissions. Mais cette version est démentie par Edouard Balladur et qualifiée de « grotesque » par le président Nicolas Sarkozy qui était en 1995 porte-parole de l’ancien Premier ministre.
A l’été 2009, après des révélations dans la presse, deux parlementaires socialistes demandent et obtiennent une mission d’information au sujet de l’attentat de Karachi. Le 12 mai 2010, la commission de la Défense de l'Assemblée nationale adopte à l’unanimité le rapport, qui entretient les soupçons. Le ministre de la Défense Hervé Morin annonce le même jour la transmission de « nouveaux documents » réclamés par les juges chargés du dossier.