Le premier procès de Momcilo Perisic a duré presque trois ans. Plus de 100 témoins ont été entendus et près de 4 000 pièces à conviction ont été versées au dossier. Selon l'acte d'accusation, en tant que chef de l'armée yougoslave, Momcilo Perisic a aidé et encouragé l'armée de la République serbe de Bosnie, une entité autoproclamée, à mener sa campagne de bombardements et de tirs isolés qui ont visé la capitale Sarajevo.
Il a également aidé et encouragé les forces serbes de Bosnie lors de la prise de Srebrenica, qui s'est soldée par le massacre de quelques milliers de musulmans en 1995. Par ailleurs, il a aidé l'armée de la Krajina serbe, une entité autoproclamée en Croatie, qui a tiré sur la ville de Zagreb à plusieurs reprises, faisant des morts et des blessés.
Si la responsabilité de Momcilo Perisic a été reconnue en première instance pour l'aide systématique accordée aux forces serbes de Bosnie et de Croatie, son implication directe et personnelle dans les crimes commis n'a pas été retenue, a dit son avocat à l'ouverture du procès en appel.