C'est une piste qui ne peut être complètement écartée, mais qui est fragile. Cette conclusion, on la trouve dans le rapport de la mission d'information parlementaire et la piste en question, c'est celle d'une vengeance d'une frange des services secrets pakistanais après la signature d'un contrat de vente de sous-marins à l'Inde en 2001.
C'est ce qu'affirment, en tout cas, deux témoins cités par le journal Libération : Alain Juillet, ancien directeur du renseignement à la DGSE, le contre-espionnage français, et un officier pakistanais anonyme, lequel a côtoyé les salariés français de la DCN au Pakistan.
Interrogé par le quotidien, le ministre socialiste de la Défense de l'époque, Alain Richard, prend le contrepied assurant que des assurances avaient été données aux Pakistanais que la vente de sous-marins à leurs rivaux indiens n'entrainerait pas de déséquilibre militaire et qu'aucun conflit n'avait semblé résulter de ce contrat franco-indien.
Au juge Marc Trévidic de faire le tri entre ces affirmations contradictoires. Le magistrat, qui enquête sur les causes de l'attentat de Karachi qui avait fait 14 morts dont 11 Français le 8 mai 2002, suit parallèlement une autre piste, celle de l'arrêt des commissions et rétrocommissions. La fermeture du robinet à finances n'aurait pas contribué à apaiser responsables et intermédiaires pakistanais influents.