Disparition de matériel électoral à Ouagadougou et dans certaines localités du pays, destruction d’urnes et de bulletins de vote à Banfora, insuffisance du matériel de vote. Ce sont la quelques difficultés constatées par les différents partis de l’opposition au cours du scrutin. Des anomalies liées à la nature de ces élections selon Nathanaël Ouedraogo, directeur national de la campagne de l’UPC, l'Union pour le changement :
« Nous n’avons pas toutes les données, c’est-à-dire l’ampleur de certains phénomènes. Donc il est important que nous soyons prudents et vigilants. Nous pensons que globalement l’élection s’est bien déroulée aujourd’hui pour le peuple burkinabè qui pour la première fois participait à des élections couplées ».
Maître Barthélémy Kéré, le président de la Céni, la Commission électorale nationale indépendante, a expliqué que certaines difficultés étaient liées à la fusion de certains bureaux. Mais dans l'ensemble, le bilan de la journée de vote est plutôt satisfaisant.
Jean Léonard Compaoré, directeur national de la campagne, membre du CDP, Congrès pour la démocratie et le progrès, le parti au pouvoir, est du même avis.
Tous les partis politiques de l’opposition que nous avons contactés à la clôture du vote, ont salué la tenue de ce scrutin dans le calme. Amadou Traoré, chargé de l’administration et la communication de l’UPR, l’Union pour la République affirme que « ces petites difficultés ne peuvent pas entacher la crédibilité du scrutin. Il est tout à fait possible pour chacun de gagner, malgré cela ».
Dans les différents états-majors des partis politiques, les dirigeants et militants ont suivi l’évolution des dépouillements, à travers leur propre système de communication.