Le régime de Khartoum est aujourd'hui en difficulté sur plusieurs fronts. Dans les Etats du Nil Bleu et du Kordofan-Sud, l'armée fait face à des rébellions anciennement alliées au SPLM, le parti au pouvoir dans le Soudan du Sud devenu indépendant depuis juillet dernier.
Les rebelles demandent que leur mouvement soit reconnu comme un parti, que leurs combattants soient intégrés dans l'armée et que les deux provinces bénéficient d'une large autonomie. Omar el-Béchir a choisi l'option militaire pour réduire ces rébellions qui bénéficient, selon plusieurs sources, du soutien du Soudan du Sud.
A l'Ouest, le retour de Khalil Ibrahim chef du JEM, (Mouvement, Justice et Egalité), au Darfour inquiète. Des contacts ont été pris entre rebelles darfouris et rebelles du Nil Bleu et du Kordofan-Sud. Ces derniers souhaiteraient former une coalition. Au Darfour, la fin de la saison des pluies pourrait réactiver les groupes rebelles.
Cette situation déstabilise les autorités soudanaises qui peinent à se réorganiser après la perte du Soudan du Sud. Les divisions au sein du régime d'Omar el-Béchir empêche la prise de décision sur des questions internes comme celle d'une nouvelle Constitution censée répondre aux aspirations des Soudanais.
Ces divisions internes perturbent également le processus de négociations entre les deux Soudans Certains observateurs estiment que l'affaiblissement du leadership politique à Khartoum profite au clan le plus radical de l'armée soudanaise.