Plusieurs groupes rebelles sudistes sont issus pour certains d'entre eux des propres rangs de la SPLA, l'ancienne rébellion du Sud-Soudan aujourd'hui au pouvoir à Juba.
Ces groupes refusent de déposer les armes. En avril dernier, c'est l’ancien haut gradé de l'armée sudiste, Georges Hathor, qui a pris le maquis dans l'Etat du Jonglei après avoir perdu les élections au poste de gouverneur en avril dernier.
Deux autres officiers sont également entrés en rébellion : les colonels David Yauyau et Galwak Gai qui collaborent avec Hathor mais opèrent également dans les Etats limitrophes comme ceux de l'Unité ou du Haut-Nil, régions pétrolières situées à la lisière de la frontière avec le Nord-Soudan.
En octobre dernier, le président sudiste Salva Kiir avait décrété une amnistie et proposé aux chefs rebelles d'intégrer l'armée. Trois jours avant le référendum sur l'indépendance du 9 janvier, un cessez-le-feu a été signé mais tout cela a volé en éclat. Les combats ont repris avec beaucoup plus d’intensité. Le gouvernement du Sud-Soudan accuse Khartoum d'approvisionner ces groupes armés.
Ces mouvements insurrectionnels traduisent en tous cas une réalité, celle de la rivalité et des luttes de pouvoir entre communautés, mais aussi entre clans d'une même ethnie. Les leaders sudistes auront fort à faire pour pacifier le Sud-Soudan qui a choisi la partition avec le Nord en votant massivement pour l'indépendance.