Les rebelles de Georges Athor, ancien général de l'armée sudiste rallié à Khartoum pendant la dernière guerre, déstabilisent l'Etat du Jonglei. A la mi-février déjà, des affrontements se sont soldés par la mort de plus de 200 personnes dont la plupart étaient des civils. Athor a réactivé sa rébellion l'année dernière après avoir perdu l'élection au poste de gouverneur du Jonglei.
Début février, c'est dans l'Etat du Haut-Nil qu'une ancienne milice pro-Khartoum a déclenché des combats à l'arme lourde près de l'aéroport de Malakal, région pétrolifère stratégique du Sud-Soudan. Cinquante personnes ont trouvé la mort. Les mutins refusaient de rendre leurs armes à l'armée sudiste.
Autre zone de convulsion, celle d'Abyei, où lundi 28 février 2011, dix personnes ont été tuées après une bataille entre sudistes de la tribu des Ndinkas Ngok et les Misserias, une tribu arabe d'éleveurs.
Tous ces conflits sont-ils alimentés par Khartoum comme l'affirme le gouvernement du Sud-Soudan ? Aujourd’hui les patrouilles mixtes sur la frontière sont démantelées. L'armée sudiste, qui fêtera officiellement son indépendance le 9 juillet prochain, exige maintenant le retrait de toutes les troupes nordistes encore présentes sur son territoire. Cela inquiète probablement les miliciens sudistes qui ont servi de supplétifs à Khartoum. Ils s'interrogent sur leur devenir.
Une situation de vulnérabilité qui peut évidemment profiter à ceux qui au Nord digèrent mal la partition du grand Soudan.