Pour la plus haute instance administrative française, la fermeture de la mosquée d'Ecquevilly est justifiée pour deux raisons. D'abord, les magistrats estiment que la décision du gouvernement ne porte pas « une atteinte grave » à la liberté de culte. Les fidèles disposent de « trois autres lieux » de prière, « à moins de cinq kilomètres » de distance, écrivent les juges.
Ensuite, le Conseil d'Etat estime que l'infraction reprochée à la mosquée est établie. A savoir, des prêches de l'imam exhortant « à des comportements violents... sectaires ou illégaux ». Selon l'arrêté ordonnant la fermeture de la mosquée, Youssef Abou Anas avait déclaré, le 20 novembre 2015 à propos des attentats qui venaient de se dérouler à Paris : « Ces actes étaient un suicide qui ne respectait pas les règles de la religion... mais en temps de guerre, ce n'est pas mauvais en soi ».
Cette déclaration est contestée par les avocats de la mosquée qui affirment que les services de renseignements se sont basés sur une mauvaise traduction du prêche. William Bourdon et Vincent Brengarth évoquent « une défaite du droit » qui pourrait « créer un grave malentendu avec une communauté totalement éloignée de la violence... et encore plus du terrorisme ».