Les grèves qui se sont échelonnées de mars à juin ont entrainé des pertes financières importantes pour la SNCF, qui les chiffrent à 310 millions d'euros. Car outre le manque à gagner, la SNCF a dû procéder à des remboursements, ainsi qu’à des travaux de remise en état après les inondations.
Au premier semestre total, la SNCF annonce une perte de près de 160 millions d'euros. Cela rend encore plus difficile à atteindre qu'en début d'année l'objectif de 2% de croissance et les 750 millions d'économies que la société ferroviaire s'est fixés pour 2016. D'autant plus que le rail souffre d'un contexte morose lié aux attentats.
Pourtant, la SNCF a augmenté son chiffre d'affaires durant cette période avec la prise de contrôle totale d’Eurostar, la société qui exploite le TGV Paris-Londres. Cependant, les performances d’Eurostar ont elles aussi été affectées durant cette période, du fait de l'incertitude qui a présidé avant le referendum sur le Brexit, puis par son résultat positif.