Le nom de Mohamed Merah apparaît pour la première fois en décembre 2009, dans une note consacrée au « groupe de Toulouse », des salafistes radicaux emprisonnés pour avoir mis sur pied une filière de candidats au jihad.
Installé en Egypte pour s'y former, Abdelkader Merah est alors très proche d'eux et de son jeune frère, Mohamed, délinquant tout juste sorti de prison, qui suit lui-même des enseignements religieux à domicile.
Un an plus tard, nouvelle note de la DCRI. Prenant maintenant des cours d'arabe, Mohamed Merah est décrit comme appartenant à une fratrie d'islamo-délinquants, très influencés par les membres du « groupe de Toulouse » arrivés en fin de peine, plus déterminés que jamais. Puis on trouve un compte-rendu détaillé de l'arrestation de Merah, à Kandahar, par la police locale. Pas dupe des arguments avancés par le jeune Toulousain pour justifier ce voyage, et persuadée qu'il est en train de se radicaliser, la DCRI décide alors d'approfondir son environnement amical et familial.
Ce qui n'empêche pas Mohamed Merah de se rendre cette fois au Pakistan. A son retour, en novembre 2011, il est entendu par la DCRI de Toulouse, qui évoque dans son dernier rapport « une menace directe », « les jihadistes pouvant revenir chez eux avec des instructions pour conduire des actions armées. »