Selon la Cour suprême, le juge Baltasar Garzon a commis des erreurs, il n'aurait pas dû ouvrir des enquêtes sur les disparus de l'époque franquiste, en passant outre la loi d'amnistie de 1977.
L'argument du magistrat selon lequel il s'agissait de crimes contre l'humanité n'a pas été retenu. La Cour suprême a quand même reconnu que le juge était de bonne foi. Six de ses sept membres se sont donc prononcés pour l'acquittement de Baltasar Garzon. « Les juges ne doivent pas faire le travail des historiens », insiste par ailleurs la Cour suprême, qui souligne également que la loi d'amnistie votée doit être respectée, d'autant plus qu'elle a été un instrument de réconciliation et non une loi d'auto-amnistie.
Une vision des choses qui n'est pas du goût des organisations de défense des droits de l'homme. A l'image de Human Rights Watch, elles voient dans le verdict du procès un revers pour la lutte des victimes du franquisme. Elles rappellent que les Nations unies ont déjà demandé l'abrogation de la loi d'amnistie. Pour l'heure, celle-ci reste en vigueur. La Cour suprême de Madrid a clairement souligné que seul le Parlement pouvait, éventuellement, l'abroger.