L'enjeu, c'est bien d'amener les participants à s'engager en commun dans le refus de l'instrumentalisation de la religion à des fins politiques. C'est qu'en 25 ans, le monde a changé : les religions et notamment l'islam, mais aussi l'hindouisme en Inde ont été travaillés par l'intégrisme et le fanatisme, les tours jumelles de New York ont disparu dans l'attentat du 11-Septembre, les minorités chrétiennes à travers le monde ont peur, les musulmans chiites et sunnites là où ils s'affrontent sont victimes d'attentats et les islamistes entendent bien être les grands bénéficiaires des révolutions arabes.
Si Benoît XVI fut réticent en 1986 face à l'initiative de Jean-Paul II, craignant le magma du syncrétisme religieux, il a finalement admis à propos des religions que, quand elles gardent leur identité propre et se respectent entre elles, le dialogue entre elles est non seulement possible mais nécessaire, car il oeuvre au service de l'humanité. C'est cela l'esprit d'Assise fortement décrié au passage par les intégristes catholiques.
La nouveauté de cette commémoration du 25ème anniversaire de la rencontre d'Assise, c'est la présence de quatre intellectuels du monde non croyant. Pour la France, ce sera la philosophe et psychanalyste d'origine bulgare Julia Kristeva, qui entend jeter un pont entre l'humanisme des Lumières et celui des religions.