Benoît XVI tente de mettre un terme à la crise de pédophilie qui touche l’Eglise dans de nombreux pays européens, notamment, en Irlande, en Autriche et en Allemagne mais aussi au Canada et aux Etats-Unis. En édictant de nouvelles règles, il durcit la position de l'Eglise qui doit régler, telle une bombe à retardement, la culture du silence.
Les nouvelles règles sont élaborées par la Congrégation pour la doctrine de la foi que Benoît XVI a présidée pendant le pontificat de Jean-Paul II. Depuis 2001 cette institution est chargée des questions de délits, les plus graves, dans les atteintes aux mœurs ou dans la célébration des sacrements.
Parmi les nouvelles mesures, figure la prescription qui passe de 10 à 20 ans, ouvrant la voie à des sanctions mais aussi à des réparations. Un aspect moins connu, mais relevé par la Congrégation pour la doctrine de la foi, est celui des abus sexuels sur des handicapés mentaux. Ils seront désormais assimilés à des actes de pédophilie. Enfin, il y aura des procédures accélérées pour les cas les plus graves.
Après la demande de pardon aux victimes, la démission d'évêques acceptée par Rome, la « tolérance zéro » demandée par Benoît XVI est mise en œuvre.