Le sermon du Vendredi saint prononcé par le père Raniero Cantalamessa, prédicateur de la maison pontificale, a provoqué l'indignation des communautés juives d'Europe et des Etats-Unis et d'associations de victimes d'abus commis par des religieux.
Elles ont été choquées par la lecture devant Benoît XVI par le père Cantalamessa d'une lettre de « solidarité » au pape et à l'Eglise reçue d'un « ami juif ». Ce dernier y dénonce une « attaque violente et concentrique contre l'Eglise (et) le pape » avant d'ajouter, « l'utilisation du stéréotype, le passage de la responsabilité et de la faute personnelles à la faute collective me rappellent les aspects les plus honteux de l'antisémitisme ».
En Allemagne, le secrétaire général du Conseil central des juifs Stephan Kramer l'a qualifié « d'impertinence et d'insulte vis-à-vis des victimes des abus sexuels et des victimes de la Shoah ». De son côté, Marvin Hier, fondateur du Centre Simon Wiesenthal de lutte contre l'antisémitisme, est allé plus loin, exigeant les « excuses » de Benoît XVI pour ces « remarques blessantes », « honteuses, hors de propos » et cette « déformation totale de l'histoire ». Il a rejeté toute comparaison entre des siècles d'antisémitisme qui ont mené à « la mort de dizaines de millions de personnes innocentes avec des criminels qui renient leur foi et leur vocation en agressant sexuellement des enfants ».
Pour David Clohessy qui dirige le réseau SNAP, regroupant des victimes américaines de prêtres pédophiles, « cela fait mal au coeur de voir un responsable de haut rang du Vatican faire des remarques aussi dures, qui sont une insulte aussi bien pour les victimes d'agressions sexuelles que pour les juifs ». Pour le rabbin Gary Greenebaum, chargé des relations inter-religieuses au sein de l'American Jewish Comittee, il est « compréhensible que l'Eglise se sente sous pression », mais les responsables catholiques « doivent veiller à ne pas pratiquer l'hyperbole ».
A ce propos, le rabbin de Rome a mis en garde contre des rumeurs circulant notamment dans les milieux catholiques « sur le fait que les attaques contre l'Eglise proviendraient du lobby juif ».
Devant cette avalanche de critiques à l'égard du pape Benoît XVI, le porte-parole du Vatican, le père Federico Lombardi, a protesté de la bonne foi du père Cantalamessa tout en reconnaissant sur Radio Vatican que citer la lettre « pouvait susciter des malentendus », et a assuré que le « rapprochement entre les attaques contre le pape pour le scandale de pédophilie et l'antisémitisme n'est pas la ligne suivie par le Saint-Siège ».
Benoît XVI a été accusé par des médias en Allemagne et aux Etats-Unis d'avoir gardé le silence sur des cas de pédophilie commis par des religieux, quand il était archevêque à Munich et quand il a dirigé pendant 24 ans la Congrégation pour la doctrine de la foi, avant de devenir pape en 2005.