Dans cette affaire de Bouaké, plusieurs thèses ont été avancées ces dernières années.
Tout d'abord, celle du général Henri Poncet qui dirigeant le dispositif Licorne. C'est la piste politique. Le militaire français met en cause l'entourage du président Gbagbo. Les durs du régime auraient ordonné le bombardement du camp français sachant que la réplique de Licorne allait déclencher de violentes manifestations à Abidjan et conduire au départ de l'armée française.
Deuxième thèse : les Forces loyalistes auraient été informées d'une réunion de l'état-major des Forces nouvelles dans le camp de Bouaké et auraient ordonné le bombardement afin de décapiter la rébellion. C'est la piste militaire.
Enfin, la thèse de Jean-Jacques Fuentes, celle du pacte secret qui tourne mal. Le mercenaire affirme que c'est l'Élysée qui aurait indiqué des cibles rebelles à l'armée ivoirienne. Parmi ces cibles, un gymnase proche du lycée Descartes où devait se dérouler une réunion des FN. Les pilotes des avions Sukhoï-25 n'auraient pas bombardé le bon objectif et auraient détruit le camp français situé à proximité, déclenchant par la suite les représailles françaises.
Le juge d'instruction du Tribunal aux armées de Paris, Florence Michon, espère que l'audition de Jean-Jacques Fuentes permettra de faire avancer l'enquête plus de cinq ans après les faits.