L'armée pakistanaise affirme qu'elle ne saurait tolérer l'existence des extrémistes dans ses rangs. La famille et les défenseurs du général Ali Khan soutiennent qu'il est puni parce qu'il a eu le courage de critiquer les chefs de l'armée pakistanaise, qui collaborent avec les Américains.
La coopération militaire entre les Etats-Unis et le Pakistan - leur principal allié dans la région - est difficile, à la suite des attaques menées par les drones américains contre des cibles situées en territoire pakistanais, à la frontière avec l'Afghanistan. Les relations bilatérales ont atteint leur niveau le plus bas après le raid américain du 2 mai, fatal à ben Laden, que le Pakistan a vécu comme une violation de sa souveraineté et comme une humiliation nationale.
Les Occidentaux accusent depuis longtemps certains responsables politiques et militaires pakistanais de maintenir des liens avec des islamistes pour défendre les intérêts stratégiques du Pakistan. Selon eux, l'armée compte dans ses rangs des sympathisants de l'extrémisme islamique. Les analystes pensent que l'arrestation du général Ali Khan n'est qu'une tentative de faire taire les critiques, en leur montrant que l'armée est capable d'éradiquer tout lien entre les islamistes et l'appareil d'Etat.