Selon le secrétaire de la sécurité de l'Aviation civile colombienne, les pilotes de l'avion étaient conscients de leur manque de carburant mais n'ont lancé l'alerte que sept minutes avant l'impact, alors qu'un premier moteur s'arrête.
« La cause de l'accident est une panne de carburant, selon une feuille de route pour laquelle la quantité de combustible et l'autonomie de l'appareil RJ 85 n'étaient pas suffisants pour effectuer ce vol. Il y a donc bien eu des erreurs, puisque ni l'équipage ni l'avion n'avaient les autorisations pour voler à plus de 29 000 pieds », a indiqué le colonel Freddy Bonilla, lors d'une conférence de presse à Bogota.
En plus du manque de carburant, l'avion se retrouve en panne électrique totale, plus aucun de ses moteurs ne fonctionnent. L'appareil, déclaré par ses pilotes en urgence, disparaît brièvement des radars avant de réapparaître. Il entame sa descente pour atterrir, mais trop rapidement, et s'écrase contre le flanc de la montagne du Cerro Gordo à une vitesse d'environ 115 noeuds, soit 230 km/h.