Selon le gouvernement sud-africain, la délégation soudanaise n’a tout simplement pas présenté le passeport d’Omar el-Béchir à l’immigration. Les autorités n’étaient donc pas au courant qu’il était à bord de l’avion en partance pour Khartoum.
Lundi 15 juin, la délégation soudanaise avait quitté le sommet de l’UA à Johannesburg pour l’aéroport militaire de Waterkloff, escortée par la police sud-africaine.
Selon le directeur des services d'immigration, les fonctionnaires de l'aéroport savaient que le président soudanais ne devait pas quitter le territoire. Mais son passeport ne figurait pas dans la pile de documents remis à l'officier d'immigration au moment de l'embarquement. Le directeur ajoute qu’il est tout à fait normal que des personnalités connues ne se présentent pas physiquement devant l'officier d'immigration. Omar el-Béchir a donc pu quitter l’Afrique du Sud incognito.