La Coordination de la justice transitionnelle se plaint de ne pas avoir été associée jusqu'au bout au processus, d'avoir servi de « vitrine ». Elle dénonce des nominations partisanes au sein de l'Instance Vérité et Dignité sans toutefois citer nommément aucun de ses membres. Des membres qui sont pourtant tenus de n'appartenir à aucun parti et de ne pas avoir pris part aux précédents gouvernements ou assemblées.
Son fonctionnement est aussi mis en cause. Comment cette instance pourra-t-elle traiter des crimes des 60 dernières années alors que sa mission ne durera que 4 à 5 ans et que son équipe est réduite à 15 membres ? D'autant plus qu'elle est chargée d'enquêter et de traiter non seulement des atteintes aux droits de l'homme mais aussi des crimes économiques. Elle devra pour cela identifier les victimes et mettre en place des réparations. Un vaste chantier. Des associations soulignent encore l'absence de mécanisme de contrôle de ses travaux.
Ses membres se réuniront dans dix jours pour se répartir la tâche. Parmi eux, Khaled Krichi s'engage à œuvrer pour la réconciliation nationale. Une réconciliation qui, promet-il, ne consacrera pas l'impunité, mais renforcera les droits des victimes.