Historiquement, c'est en 1980 que l'Iran avait rompu ses relations diplomatiques avec l'Egypte. Cette rupture a eu lieu après la Révolution islamique iranienne de 1979, amorcée par les chiites, et pour protester contre la signature par l'Egypte d'un traité de paix avec Israël. Et puis les Frères musulmans étaient très proches de l'Arabie Saoudite, berceau du sunnisme radical, pays pour lequel l'Iran est un ennemi.
De leur côté, les Frères musulmans ont toujours prôné le rassemblement entre tous les musulmans, pour un objectif politique commun, selon les explications du chercheur Stéphane Lacroix. « Pour l'Iran, la Révolution égyptienne marque le réveil islamique, et s'inspire directement de la Révolution iranienne. »
Au niveau officiel, depuis la Révolution égyptienne qui a chassé Hosni Moubarak en janvier 2011, le pouvoir de Téhéran tente un rapprochement. Le ministre iranien des Affaires étrangères avait affirmé en janvier dernier que son pays était en contact constant avec les Frères musulmans. Une ambassade iranienne a d'ailleurs été ouverte au Caire après la Révolution. L'Egypte pourrait en fait constituer pour l'Iran un allié stratégique sur l'axe Hezbollah-Hamas.
Malgré ce réchauffement des relations avec l'Iran, il reste un dossier sur lequel Téhéran et Le Caire sont totalement opposés : le régime syrien de Bachar el-Assad, que l'Iran soutient ouvertement.
Mohamed Morsi a aussi annoncé qu'il voulait réviser les accords de paix avec Israël, sans préciser les contours de cette révision qu'il ne décidera pas seul, a-t-il affirmé.