La procédure d'enrôlement est l'objet de nombreuses critiques: sur le manque de sensibilisation des populations, le déficit de communication des autorités ou même sur l'organisation et la lenteur du processus. Mais le cœur de la polémique, ce sont les pratiques des commissions d'enrôlement, jugées discriminatoires à l'égard des Négro-Mauritaniens.
Selon le forum des associations des droits de l'homme, par exemple, il y aurait 2 poids 2 mesures dans le traitement des dossiers selon qu'on soit Arabo-Berbères ou Négro-Mauritaniens; ces derniers auraient le sentiment de devoir justifier leur « mauritanité » pour pouvoir être enregistrés.
D'autres, comme l'association anti-esclavagiste IRA vont jusqu'à suspecter une volonté délibérée d'écarter les Noirs de l'enrôlement. Craignant donc un ravivement des tensions communautaires, plusieurs associations et partis politiques ont demandé sa suspension. Dernier en date, le parti AJD-MR, l'Alliance pour la justice et la démocratie, d’Ibrahima Moctar Sarr, pourtant membre de la majorité présidentielle.
Pour tenter de mettre fin à la polémique, le président ould Abdel Aziz s'est voulu rassurant. Au cours d'un débat organisé vendredi, il a précisé qu'il ne s'agissait pas d'un recensement mais bien d'une réfection de l'état civil et que, « personne ne sera exclu ». Il a d'ailleurs argué que jusqu'à présent, les régions majoritairement composées de Négro-Mauritaniens ont connu un taux d'enrôlement supérieur à celles essentiellement peuplées d'Arabo-Berbères. Le président a ainsi garanti qu'il n'était pas question de discrimination et a mis en garde contre des manipulations partisanes.