Avant la déclaration d’indépendance du Sud-Soudan, Khartoum et Juba doivent résoudre deux problèmes sensibles.
D’abord la démarcation de la frontière Nord-Sud. 20% de cette frontière sont encore litigieux. Ensuite le partage des revenus pétroliers, puisque 80% des réserves de l’or noir du pays, estimées à plus de six milliards de barils, se trouvent dans le Sud, mais que le futur Etat indépendant du Sud-Soudan devra utiliser un oléoduc traversant le Nord pour l'exportation de son pétroles.
D’ici six mois, les responsables nordistes et sudistes vont tenter de trouver un consensus sur deux autres sujets. Le statut de la région contestée d'Abyei, riche également en pétrole. Abyei est située entre le Nord et le Sud. Elle revendiquée à la fois par la tribu sudiste Dinka Ngok et par celle, nordiste, des Misseriya. Un référendum sur le rattachement d'Abyei au Nord ou au Sud était prévu le 9 janvier dernier, mais il a été repoussé sans qu’aucune nouvelle date ne soit fixée, suite à des combats commencés dès le début de l’année et qui ont fait jusqu'à 60 morts.
Pour éviter d'accélérer les vagues de migration déjà commencées, Khartoum et Juba doivent aussi rapidement s'accorder sur le statut des centaines de milliers de Sudistes vivant toujours dans le Nord, de même que des Nordistes installés au Sud.