C'est sur la base de cette liste électorale que se fera le référendum. Avec une condition pour être validé : que 60% des électeurs aient voté. D'où l'intérêt d'avoir des listes fiables au nord comme au sud, sans doublon.
En théorie, les règles d'enregistrement des Sud-Soudanais sont claires. Elles sont notamment liées à l'appartenance à une tribu du Sud-Soudan, ou à la durée de résidence au sud. Ceux qui ne sont, par exemple, pas originaire de la région mais qui y ont vécu depuis 1956 sans interruption, devraient pouvoir voter.
Seulement, en pratique peu de Sudistes ont des documents qui attestent de leur histoire et de leur filiation, et la Commission référendaire n'a pas établi de listes des tribus du Sud-Soudan. L'inscription pourrait donc s'annoncer délicate, notamment pour ceux qui résident au nord, et qui seront enregistrés par une administration moins familière avec les critères définis.
Lors du précédent scrutin présidentiel d'avril, l'enregistrement des électeurs avait été critiqué par la Fondation Carter, qui avait notamment relevé beaucoup de retranscriptions erronées de noms. C'est pour cela notamment que l'Union européenne a décidé d'observer cette étape, contrairement à ses habitudes.
Rappelons que l'opération d'enregistrement se déroulera aussi à l'étranger pour la diaspora. Dans huit pays elle sera encadrée par l'Office international des migrations (OIM). Ce devrait être le cas en Egypte, où vit une importante communauté soudanaise, mais l'OIM n'a pas encore obtenu le feu vert des autorités, des retards sont donc à prévoir.