Première question non résolue : qui aura le droit de vote? La loi référendaire votée en décembre 2009 par le Parlement soudanais ne l'a pas précisé. Résultat: les Misseriya une tribu d'éleveurs arabes qui disposent de droit de pâturages dans le territoire d'Abyei exigent de participer au referendum au même titre que les Ndinkas Ngok, agriculteurs christianisés qui constituent la principale communauté de cette région.
Les Ndinkas sont majoritairement favorables à l’indépendance du Sud-Soudan. Les Misseriyas sont opposés a la sécession. Autre question: celle de la frontière qui pourrait être remise en cause. Dans L'accord de paix global de 2005, Abyei est défini comme les neuf chefferies de Ndinkas Ngok attribuées au kordofan en 1905. Les autorités de Khartoum pourraient exiger que l'on revienne à la frontière nord-sud du 1er janvier 1956, date de l'indépendance.
Enfin, a trois mois du scrutin, nordistes et sudistes qui administrent Abyei n'ont toujours pas réussi à s'entendre pour designer les membres de la commission chargée d'organiser le référendum.
Les représentants des deux camps qui discutent en ce moment à Addis Abeba devront impérativement sortir de l'impasse pour qu'Abyei ne devienne pas (comme le craignent certains observateurs), le « Cachemire d'Afrique », allusion au territoire que se disputent l'inde et le Pakistan.