Le président sortant était donné gagnant d'autant plus gagnant qu'à la veille du scrutin plusieurs de ses adversaires avaient retiré leur candidature.
Le général Béchir et son régime ont été également accusés par l'opposition de vouloir frauder pour l'emporter. Pour certains analystes, Omar el-Béchir n'a organisé ces élections, - les premières pluripartites depuis 24 ans-, que pour faire un pied de nez à la Cour pénale internationale qui le poursuit depuis mars 2009. La CPI l'accuse de crimes de guerre et crimes contre l'humanité au Darfour.
Le numéro un soudanais est le premier chef d'Etat en exercice à être poursuivi par la justice internationale. L'Union européenne vient d’ailleurs de réagir en affirmant que l'impunité des crimes internationaux est inacceptable. Mais dans son ensemble la communauté internationale ne devrait pas réellement contester cette victoire.
Certains observateurs pensent que les Américains qui pèsent beaucoup sur l'échiquier soudanais ont négocié avec Béchir :« On ferme les yeux sur les conditions de son élection en contrepartie de son engagement à ne pas parasiter le référendum sur l'indépendance du Sud-Soudan ». Et ce n'est sûrement pas un hasard si dans sa première déclaration de président élu, Omar el-Béchir a affirmé qu'il allait organiser le référendum à la date prévue.