La place de la fiche S pour « sûreté de l'Etat » est au cœur de la polémique. Laurent Wauquiez, président des Républicains, propose d'interner tous les individus jugés dangereux. Ou encore d'expulser toute personne fichée S qui n'a pas la nationalité française. D'après Marine Le Pen, présidente du Front national, la fiche S ne sert à rien.
Pour le professeur en criminologie Alain Bauer, le fichage a bien une utilité. « Le problème de la fiche S c’est qu’elle n’est pas une fiche de surveillance, mais une fiche de signalement et que par ailleurs elle signale des gens qui ont des activités criminelles ou terroristes de toute nature et de tout type, explique-t-il. Donc il y a beaucoup de gens. Le problème dans le renseignement ce n’est pas la collecte de l’information où l’on est submergé par l’information, c’est l’analyse de l’information, la hiérarchisation des enjeux et la capacité à décider si quelqu’un est plus à même que quelqu’un d’autre de passer à l’acte ou de commettre des actes violents. Donc la fiche S n’est pas inutile, mais elle ne peut pas agir toute seule. »
Le terroriste du quartier de l'Opéra n'était plus suivi depuis plusieurs mois, sa fiche S n'avait pas été mise à jour. La base alimentée par les services de renseignement compte 25 000 documents de ce type. Près de 10 000 fiches sont consacrées à la mouvance terroriste islamiste.