Secret défense et justice n'ont jamais fait bon ménage. Le secret défense est même l'arme absolue pour ralentir l'enquête d'un juge, voire compromettre ses investigations. Dans les faits, rien n'oblige un ministère à lever un secret défense.
Aux yeux de l'ex-juge antiterroriste Gilbert Thiel, chaque demande est un véritable parcours du combattant. « C'est l'autorité qui classifie, le ministre de la Défense en l'occurrence, qui a la possibilité, après avoir pris l'avis d'une commission, de déclassifier. C'est donc celui qui fait, qui peut défaire, explique-t-il. Ca reste néanmoins un parcours extrêmement périlleux. D'abord parce que le juge ne peut pas se contenter de demander dans le vague tous les éléments utiles pour la manifestation de la vérité. Il faut que le magistrat cible tel document dont il a eu connaissance de l'existence pour demander au ministre la déclassification. Le tout est de savoir après ce qui va primer sur des intérêts qui peuvent parfois être antagonistes. »
Près de 80% des demandes se concluent par une levée du secret défense. Mais en 2009, une réforme du secret de la défense nationale a rendu la déclassification plus ardue. Désormais, même les locaux abritant des informations protégées peuvent être classés secret défense et être ainsi à l'abri des perquisitions des juges d'instructions.