Comme les principaux pays de l'Otan, la Turquie a été partenaire de l'avion de combat furtif F-35 dès le début du programme. Ankara a commandé une centaine d'avions de ce type, et l'armée de l'air turque devait devenir le 3e opérateur du F-35 dans le monde.
Pour le moment, le contrat est gelé, mais tirer un trait sur ce partenariat sera difficile car certains composants de l'avion sont fabriqués en Turquie dans le cadre d'un partage industriel. Selon le département américain de la Défense, il faudrait deux ans pour retrouver des sous-traitants équivalents. Les grandes visites techniques des moteurs des F-35 doivent également se faire dans un centre de contrôle situé en Turquie, pour l'essentiel des clients européens de l'avion. En rompant le dialogue avec Ankara, l'industrie américaine pourrait donc y laisser des plumes.
Dans l'autre sens, les restrictions qu'impose régulièrement la Turquie autour de l'utilisation de sa base d'Incirlik pourraient encourager les alliés à chercher des alternatives. La présence américaine sur la base serait de l'ordre de 500 personnels, mais les avions engagés, notamment contre l'organisation Etat islamique, peuvent aller ailleurs, au Koweït, à Chypre, en Jordanie, voire en Roumanie. Il reste tout de même la délicate question des armes nucléaires tactiques stockées sur la base pour le compte de l'Otan, et qui échappent donc au contrôle direct d'Ankara.