Dans un communiqué publié dimanche 21 mars 2010 à Antananarivo, la Haute autorité de transition - qui soutient le président Andry Rajoelina - réclame également des poursuites contre l'ancien président Marc Ravalomanana « pour corruption, atteinte à la sûreté de l'Etat et haute trahison en connivence avec des factions extérieures ». Il s’agit d’une réaction à l’Union africaine qui a décidé, mercredi 17 mars, d'imposer des sanctions à Andry Rajoelina, ainsi qu'à une centaine d'autres personnalités de son régime, dont les 37 membres de la HAT, pour leur entrave au processus de sortie de crise. Ces sanctions comprennent des refus de visas (interdiction de voyager) et le gel d'avoirs financiers dans des établissements bancaires étrangers.
Dans un entretien à RFI, lundi 22 mars, Patrick Monibou, vice-président de la Haute autorité de transition, a précisé que les recommandations de mesures contre les mouvances de l’opposition ont été faites « pas seulement parce que nous avons reçu des sanctions de l’UA, mais surtout au vu de la situation politique, en ce moment, avec toutes ces manifestations et tout ce qui se passe en ville ». Il a ajouté que « des meneurs des mouvances passent à la radio et à la télé et font des menaces verbales envers les membres de la HAT disant ‘nous savons où vous habitez, nous allons nous occuper de vous’. C’est au vu et su de tout le monde ». Selon Patrick Monibou, « l’on ne peut pas continuer à faire traîner des Malgaches dans la boue comme ceci. Ce n’est pas du tout pour museler l’opposition, mais nous voulons continuer à garder une certaine quiétude dans la ville ».
Le vice-président de la Haute autorité de transition a admis que l’Union africaine n’a pas été objective, « d’une certaine manière », en annonçant des sanctions, « parce que, en fait, sanctionner la HAT équivaut à légitimer les mauvaises gouvernances de l’ancien régime ». Patrick Monibou a également cité « ces quelques pays africains, dont ceux de la SADC (Communauté de développement de l'Afrique australe), qui s’obstinent, en fait, à nous traîner dans la boue ».