Lors de la dernière visite d’Idriss Déby Itno au Soudan, les deux présidents étaient alliés. Le chef de l’Etat tchadien était médiateur dans la toute jeune crise du Darfour même s’il avait, à plusieurs reprises, pris le parti de son homologue soudanais contre les rebelles darfouris. Et pour cause, c’est avec l’aide du Soudan que le général Idriss Deby avait pris le pouvoir en 1990 et ce dernier ne souhaitait pas fâcher son puissant voisin de l’Est.
Mais rapidement, leurs relations se sont dégradées, l’entourage d’Omar el-Bechir accusait le président tchadien de soutenir les rebelles soudanais du MJE (le Mouvement pour la Justice et l’Egalité), composé en grande majorité de combattants zagawas et dirigé par Khalil Ibrahim, un parent d’Idriss Deby.
Méfiance grandissante également du côté de NDjamena qui reprochait à Khartoum d’accueillir sur son sol des groupes rebelles tchadiens. En 2006, le divorce est pleinement consommé, les rebelles tchadiens lancent une attaque avortée contre NDjamena avec l’appui de Khartoum alors que les deux pays viennent à peine de signer leur premier accord de paix à Tripoli. Ensuite, les deux capitales s’accuseront mutuellement de soutenir leur rébellion respective.
En 2008, les rebelles tchadiens arrivent une nouvelle fois à NDjamena, mais les représailles ne tardent pas puisque la même année, le MJE se lance à l’assaut de Khartoum. Des relations très tendues qui se sont apaisées ces dernières semaines à la faveur d’un énième accord de réconciliation alors que les deux présidents font face ces prochains mois à d’importants enjeux électoraux.