Depuis le vendredi 23 septembre 2011, Samuel Moreno est à la prison de Picota, dans le quartier réservé aux fonctionnaires. Les faits qui lui sont reprochés sont en effet graves : il est soupçonné d'avoir touché des pots-de-vin dans le marché des transports publics de Bogota. Un marché très juteux, puisque la ville, où la circulation est totalement saturée, s'est engagée dans un ambitieux programme de transports intégrés. Un programme qui a d'ailleurs été salué par l'Organisation panaméricaine de la santé.
Dans le cas de Samuel Moreno, la justice colombienne va crescendo. En octobre 2010, la Cour des comptes a ordonné la saisie de tous ses biens car le préjudice pourrait bien atteindre 70 millions d'euros. Au moi de mai dernier, la justice administrative l'avait suspendu de ses fonctions. Aujourd'hui, il a donc rejoint en prison son frère, impliqué dans la même affaire.
En attendant le procès, son parti, le Pôle démocratique alternatif (PDA), un parti de gauche, l'a exclu en espérant que cette affaire ne pèsera pas trop sur les élections municipales et régionales qui se dérouleront le 30 octobre prochain.