Les Comoriens d'obédience chiite sont en minorité dans l'archipel, d'où cette mention dans la Constitution de rites chaféites. Cependant cela ne change rien aux prérogatives de tous les citoyens, assure Mohamed Ismaïl, le porte-parole de la présidence. « Dans tous les pays arabo-musulmans, là où il y a deux islams, le risque de confrontation, le risque de guerre si ce n'est la guerre elle-même, existe. Les Comoriens ont fait leur choix : nous sommes musulmans, nous avons choisi le rite sunnite et ça ne date pas d'aujourd'hui. Si on est contraint d'appliquer l'islam, on devient hypocrite au sens islamique du terme donc on ne peut contraindre personne. Seulement l'application publique, le prosélytisme, cela est interdit. »
Parmi les Comoriens à orientation chiite, on est dubitatif, indique Mohamed Mladjao, une figure connue de la justice du pays : « Ils m'ont retenu quatre jours à la police. Le motif c'est que je suis terroriste. L'arrêté du ministre de l'Intérieur interdisait de pratiquer une religion autre que l'islam chaféite, même dans nos maisons, même dans le privé. Il est soutenu par l'intervention du conseiller de la présidence. Ce conseiller a osé dire : "tous ceux qui ne sont pas chaféites, nous allons les brûler, nous allons les sacrifier". C'était sous ce régime du président Azali. »
La Cour constitutionnelle avait accordé la liberté de culte au groupe de musulmans chiites sous l'ancien régime. Mais elle n'existe plus depuis trois mois.