Près de 1,4 million de Mauritaniens sont appelés à se prononcer dans les 3 118 bureaux de vote répartis sur l'ensemble du territoire. Le scrutin va se dérouler en deux temps, avec deux bulletins à déposer dans des urnes distinctes.
Pour chacune des deux questions, le votant peut choisir « oui », « non » ou « neutre ». Le premier bulletin, bleu, porte sur le changement de drapeau. Il s'agit de savoir si les Mauritaniens veulent ou non que soient ajoutées au drapeau actuel deux bandes rouges représentant le sang des martyrs versé pour la nation.
Le deuxième bulletin, jaune, porte sur la réforme des institutions, qui englobe trois points : la suppression du Sénat et le transfert de ses attributions à l'Assemblée, la création de conseils régionaux élus et la refonte du Haut conseil islamique, du médiateur de la République et du Haut conseil de la fatwa et du recours gracieux, en une seule institution également baptisée « Conseil de la fatwa et du recours gracieux ».
Un organe chargé d'émettre des fatwas, c'est-à-dire des avis juridiques religieux, mais aussi de participer aux règlements de tout contentieux qui n'est pas en cours de traitement par la justice. A noter que la suppression de la Haute cour de justice, un temps évoquée, n'a finalement pas été retenue.