L’audit dénonce « de graves irrégularités », « une gestion de la filière qui n'était ni transparente, ni rigoureuse ». Il pointe « la gestion peu optimale de l'achat des intrants avec une surestimation d'environ 20 % des besoins par campagne », « des cas de commandes non livrées », « des dépenses non justifiées » ou encore « des ventes d'insecticides non facturées ». Le rapport dénonce aussi « des manques à gagner sur les ventes » du coton et constate des « irrégularités dans le cadre de la réquisition des usines de la SODECO ».
Ce secteur du coton, c'est celui sur lequel Patrice Talon a bâti sa fortune. L'audit porte sur trois campagnes agricoles de 2013 à 2016, la période justement où les relations entre Patrice Talon et le président Boni Yayi s'étaient fortement détériorées et le « roi du coton » était devenu un roi déchu. Aujourd'hui président, Patrice Talon affirme vouloir assainir la filière. Le gouvernement annonce qu'il a engagé des poursuites judiciaires contre les responsables et leurs complices.
Sur sa page Facebook, l’ancien ministre de l’Economie Komi Koutché affirme pour sa part qu'il garde « un rapport sain avec sa conscience », qu'il attend d'être convoqué et de connaître les chefs d’accusation. « Puis nous aviserons », écrit-il.