La mise à jour de la liste électorale, la formation du personnel national au processus électoral et la sensibilisation auprès d'une partie des électeurs figurent parmi les réalisations de la Commission électorale nationale indépendante en 2016.
En revanche, les bureaux de vote ne sont pas tous localisés, car la cartographie est périmée, la liste électorale comporte encore de nombreux doublons à éliminer, les changements de domicile ne sont pas tous indiqués et les noms de certaines personnes décédées n'ont pas encore été retirés.
En outre, malgré la médiatisation via des spots télé et radio et la descente sur terrain pour inciter les Malgaches à s'inscrire sur les listes, selon le rapport, la population montre un désintérêt pour les élections. Rappelons que le taux de participation lors de l'élection présidentielle de 2013 s'élevait à 50%, un des plus faibles de l'histoire du pays.
Autre difficulté pointée du doigt : le financement de la CENI. D'une part, le budget est géré comme celui d'un ministère, ce qui pour la Commission indépendante pose un problème d'indépendance. La CENI souhaite donc disposer d'un financement autonome. Enfin l'insuffisance du budget : 3,5 millions d'euros au lieu des 5 millions demandés, n'a pas permis l'achat et la réhabilitation de locaux ou de mobilier.