Tout bascule après 1h50 minutes de vol, quand le copilote sort du cockpit pour aller aux toilettes. Automatiquement, la porte de la cabine de pilotage se ferme. Elle ne sera jamais rouverte par le pilote qui se retrouve seul aux commandes.
Il enclenche alors une descente méthodique de l'appareil vers le sol. L'altitude et la vitesse sont modifiées, manuellement. Pendant ce temps, le copilote frappe en vain à la porte de la cabine de pilotage. Les enquêteurs ont pu établir que la météo à ce moment là était bonne et que rien n'empêchait au pilote de signaler un problème s'il le souhaitait.
Pour ces raisons, les experts concluent, confirmant l'enquête préliminaire, à un acte intentionnel de la part d'Herminio Dos Santos Fernandes. Ce pilote était âgé de 49 ans. Il avait plus de 9000 heures de vol au compteur. Le mobile de son acte meurtrier n'a pu être établi.
Le scénario rappelle évidement celui du crash de l'avion de la Germanwings, l'an passé. L'appareil s'était écrasé dans les Alpes françaises. Le copilote, à la tendance dépressive, avait délibérément provoqué l'accident.