Selon le Collectif des ligues et associations de défense des droits de l’homme au Rwanda (CLADHO) qui chapeaute une dizaine d’organisations de la société civile, la découverte de corps flottant dans le lac Rweru et dont l’origine reste un mystère a créé « une atmosphère de défiance » entre les citoyens et les gouvernements du Rwanda et du Burundi. Aussi, lors d’une conférence de presse, le collectif a réclamé que la lumière soit faite sur cette affaire. Elie Sinzabakwira, le secrétaire exécutif de la Liprodhor, un des signataires, s'en explique :
« Nous avons recommandé qu’il y ait une enquête indépendante pour nous montrer ceux qui ont commis les crimes afin qu’ils soient portés devant les juridictions compétentes. Que ce soit le FBI, que ce soit une enquête menée par l’ONU, que ce soit une enquête menée par un quelconque pays, nous, en tant que société civile, nous sommes prêts à collaborer ».
Le CLADHO affirme également avoir mené une enquête de terrain, côté rwandais les 2 et 3 octobre. Selon le collectif, aucun Rwandais interrogé lors de cette enquête n’aurait vu de corps descendre la rivière Kagera et il estime qu’il serait par ailleurs fort peu probable que cette dernière se jette en saison sèche dans le lac Rweru.
Enfin, le CLADHO, emboîtant le pas de la police rwandaise, assure qu’il n’y a pas de disparitions au Rwanda. Pourtant les États-Unis, la Grande-Bretagne et les organisations internationales de défense des droits de l'homme s'en étaient inquiétés ces derniers mois.