Comme à chaque débâcle depuis un an et demi, les shebabs parlent de « repli tactique ».
Mais, selon le porte-parole de l'Amisom, pour la plupart, les insurgés avaient déjà fui. Il y a donc eu peu de combats. Pour les islamistes, la perte de Jowhar, qu'ils contrôlaient depuis 2009, constitue un sérieux revers.
La ville est en effet située sur un axe stratégique Nord/Sud. Les shebabs sont donc obligés de se replier encore plus au nord. Notamment dans les montagnes de Galgalo, difficiles d'accès, dans la région semi-autonome du Puntland.
Les troupes de l'Amisom peuvent maintenant tenter de dégager une route au nord-ouest de Mogadiscio pour rejoindre Baidoa, tenue par les soldats éthiopiens.
Depuis qu'elles ont chassé les insurgés de la capitale en août 2011, les forces de l'Union africaine poursuivent donc leur reconquête au centre et au sud de la Somalie. Plusieurs bastions islamistes ont été repris : Afgoye, Afmadow, Marka et le port de Kismayo, fin septembre. Mais les insurgés sont toujours présents dans les zones rurales et préfèrent désormais les actions de guérillas à la guerre frontale.