Depuis décembre 2008, entre cinq et dix navires de combat ainsi que plusieurs avions de reconnaissance patrouillent dans l'océan Indien, au large des côtes somaliennes. Leur mission est de protéger les navires marchands des attaques des pirates. Rien qu'en 2011, ce dispositif a permis l'arrestation de 117 pirates présumés, 27 groupes de pirates ayant été démantelés.
Désormais, des mesures encore plus énergiques pourront être prises dans le cadre de l'opération Atalante. Les navires de combat pourront, aidés par des hélicoptères, neutraliser les repaires des pirates qui se trouvent sur les côtes, notamment détruire leurs bateaux et leurs réserves de carburant.
L'Union européenne a prévu un budget de près de 15 millions d'euros pour le financement d'Atalante, à l'exception des frais liés au déploiement des navires et des militaires engagés dans l'opération, ces frais restent à la charge des Etats contributeurs.
Pour la première fois depuis sa création en 2003, le centre d'opérations militaires de l'Union européenne, basé à Bruxelles, sera activé. Il va coordonner les trois missions européennes qui se déroulent dans le Corne de l'Afrique, outre l'opération Atalante, la formation des militaires somaliens en Ouganda et le soutien aux capacités maritimes des pays de la zone.