Selon Amnesty international, les forces de sécurité ont mené le 9 juillet 2011, après un nouvel attentat attribué aux islamistes de la secte Boko Haram, des opérations de ratissage, « se rendant de maison en maison, arrêtant et tirant sur les gens qui vivaient dans le quartier » où a explosé la bombe. D'après des témoignages cités par l'organisation de défense des droits de l'homme, les militaires ont brûlé des maisons et forcé leurs occupants à s'enfuir. Selon Amnesty, au moins 25 personnes ont été tuées et 45 blessées. De nombreux hommes et des jeunes garçons sont par ailleurs portés disparus. Les habitants de Maiduguri ont quitté la ville par milliers et continuent de le faire.
Amnesty International appelle le gouvernement nigérian à enquêter et à traduire en justice toute personne responsable de « ces crimes odieux ». L'ONG demande également une enquête sur « des allégations de viols commis par des membres des forces de sécurité ». L'armée, quant à elle, dément ces allégations de viol et de violences et accuse les islamistes d'avoir avec leurs explosifs provoqué les incendies.