Ils sont accusés d'avoir piloté les FDLR à des milliers de kilomètres de la RDC. Ignace Murwanashyaka et Straton Musoni doivent répondre de 26 chefs d'accusation de crimes contre l'humanité et de 39 chefs de crimes de guerre : meurtres, viols, pillages, incendies de villages ou encore recrutement d'enfants soldats.
Des crimes commandités depuis l'Allemagne, selon l'accusation. Ignace Murwanashyaka s'y est installé il y a plus de vingt ans, rejoint par son bras droit en 1994. Ils sont soupçonnés d'avoir donné des ordres directs aux miliciens FDLR en RDC, qui ensuite leur rendaient des comptes. Un rapport de l'ONU relève d'ailleurs 240 conversations téléphoniques avec les généraux de la rébellion en quelques mois, en 2008 et 2009.
Ignace Murwanashyaka fait l'objet de sanctions de l'ONU depuis 2005. Il avait déjà été arrêté en Allemagne en 2006, puis relâché, faute de preuves. Les Nations unies ont lancé des appels répétés à l'Allemagne pour poursuivre et traduire en justice le chef de la rébellion et son adjoint C'est finalement chose faite.
C'est la première fois que l'Allemagne utilise les dispositions pénales introduites en 2002 pour sanctionner les atteintes au droit international. Près de 20 audiences sont programmées jusqu'à fin juillet.
Un autre homme clé des FDLR, le secrétaire exécutif Callixte Mbarushimana, a lui été arrêté en France fin 2010 et transféré à la Cour pénale internationale à la Haye.