Un peu plus de deux ans après avoir dû fuir la Guinée-Bissau, l’ancien ennemi public numéro un va donc pouvoir reprendre officiellement le contrôle de l’état-major de la marine. Le chemin a été long. En août 2008, Bubo Na Tchuto est accusé par le chef d’état-major général des armées, Tagmé Na Waï, de tentative de putsch et de trafic de drogue. Il doit s'exiler en Gambie.
Tagmé Na Waï ayant été assassiné en mars 2009, dans des circonstances toujours non élucidées, Bubo Na Tchuto revient secrètement au pays en décembre 2009. D’abord abrité dans les bureaux des Nations unies à Bissau, puis visible au grand jour.
Le 1er avril 2010, quand le chef d’état-major José Zamora Induta est renversé par son adjoint et que le Premier ministre est arrêté, Bubo Na Tchuto apparaît au côté du nouvel homme fort, Antonio Indjaï. Dans les mois qui suivent, il est blanchi par la justice militaire de l’accusation de coup d’Etat.
Sa réintégration à la tête de la marine, officialisée par le décret présidentiel 68/2010 qui vient d’être publié n’est donc pas tout à fait une surprise. C’est en revanche un point d’interrogation posé à la lutte contre le narcotrafic dans le pays. Bubo Na Tchuto est considéré par le département américain du Trésor comme une cheville ouvrière du trafic de drogue en Guinée-Bissau. Des accusations que l’intéressé a toujours rejetées.