A en croire la police rwandaise, le motif du meurtre, serait la vengeance. Selon le ministre de la Sécurité intérieure cité par l'AFP, l'un des deux suspects a expliqué à la police qu'il a commis cet acte « pour se venger de ce journaliste qui a massacré son frère pendant le génocide commis contre les Tutsi en 1994 ».
La police écarte donc la piste de l'assassinat politique. Dans son communiqué, elle dénonce même des « versions imaginaires » de l’assassinat « colportées par des individus et des groupes pour des motifs politiques ». « Nous ne sommes pas un gouvernement qui assassine les journalistes », avait déclaré pour sa part Louise Mushikiwabo, la ministre rwandaise des Affaires étrangères.
Des défenseurs des droits de l'homme jugent cependant la version officielle bien peu crédible.
« Le journaliste travaillait sur plusieurs dossiers ultra sensibles qui mettaient en cause les plus hautes autorités rwandaises. Il se sentait menacé », explique Carina Tertsakian, chercheur à Human Rights Watch.
Ambroise Pierre de Reporters sans frontières s'étonne pour sa part « qu'on retrouve aussi vite le suspect qui veut se venger dans une affaire vieille de seize ans, affaire qui avait déjà été montée de toute pièce à l'époque». Reporters sans frontières redoute « une sorte de montage grossier destiné à calomnier le journaliste et à blanchir les autorités de Kigali ».