L’affaire Floribert Chebeya crée le scandale dans les hautes sphères de l’administration. Selon une source sécuritaire le général John Numbi, inspecteur général de la police nationale aurait été suspendu par le conseil supérieur de la Défense. Il serait suspecté d’être mêlé au meurtre. Selon la même source, plusieurs autres suspects, tous officiers et agents de la Direction des renseignements généraux et des services spéciaux de la police, auraient été arrêtés.
Le principal responsable présumé serait le colonel Daniel Mukalay. L’officier aurait avoué l’assassinat de Floribert Chebeya sans pour autant avoir eu l’intention de le tuer.
Le mobile reste incertain. Selon une source proche du dossier, Floribert Chebeya était soupçonné de faire campagne contre la venue du roi des Belges aux cérémonies du cinquantenaire de l’indépendance. Les autorités voulaient l’empêcher de continuer son action. Mais selon plusieurs collaborateurs du patron de «La Voix des Sans-Voix», cette thèse ne tiendrait pas. Certains affirment que l’activiste travaillait sur des dossiers autrement plus sensibles comme sur les massacres perpétrés au Bas-Congo notamment début 2007 et sur une série d’arrestations arbitraires et de disparitions forcées. Le nom du colonel Mukalay apparaîtrait plusieurs fois dans les enquêtes de Floribert Chebeya.