La cérémonie d'investiture, prévue pour 11h00 locales (09h00 GMT) avait commencé avec près de deux heures de retard.
La procédure de prestation de serment avait fait l'objet d'un bras de fer entre les militaires au pouvoir et les Frères musulmans, la junte estimant que M. Morsi devait être investi devant la Cour constitutionnelle, les islamistes insistant pour qu'il le soit devant le Parlement, officiellement dissous mais selon eux toujours légitime.
Le président a finalement cédé mais avait défié l'armée vendredi en prêtant symboliquement serment devant des dizaines de milliers de personnes sur la place Tahrir, « la place de la liberté et de la révolution » selon ses propres termes.
Dans son discours d’investiture de samedi 30 juin, Mohamed Morsi a soigneusement évité toute confrontation avec l’armée. Il lui a même rendu hommage pour « la remise du pouvoir au peuple ». Cela est vrai pour l’exécutif même si le Maréchal Tantawi reste commandant en chef des Forces armées. Par ailleurs, s’ils rejoignent leurs casernes, les militaires gardent le pouvoir législatif après la dissolution de l’Assemblée par la même Haute cour constitutionnelle devant laquelle Morsi a prêté serment. Le président a indiqué que les « institutions élues reviendront jouer leur rôle » sans préciser quand et comment.
« Aujourd'hui voit la naissance de la deuxième république », a déclaré le magistrat Maher Serri, membre de la Cour, au début de la cérémonie d'investiture. Le président de la Cour, Farouq Soltane, a de son côté souhaité du succès au président dans sa « difficile mission ». Le nouveau président s'est ensuite rendu à l'Université du Caire pour célébrer son investiture.
M. Morsi a battu le dernier Premier ministre de Hosni Moubarak, Ahmed Chafik, lors de la première présidentielle après la révolte, dont le second tour s'est tenu les 16 et 17 juin. Il a obtenu 51,73% des voix.
En politique étrangère, le nouveau président a cherché à rassurer. Il a commencé par les pays du Golfe où travaillent plus de quatre millions d’Egyptiens en indiquant qu’il ne chercherait pas à exporter la révolution. Puis, Mohamed Morsi a évoqué les Etats-Unis et Israël en indiquant que l’Egypte respectera ses engagements internationaux. Il s'agit d'une manière de parler du traité de paix avec Israël sans le citer. Il n’a pas non plus cité le mouvement islamiste Hamas quand il a parlé de soutien au peuple palestinien.